1958年（昭和33年）全国初の公立の少年合唱団*（児童合唱団）として創立されました。合唱を通して豊かな音楽性を養い、温かく豊かな人間性が育むことを目指して、活動を行っています。当団の卒団生は多岐に渡る道へと進みますが、指揮者の佐渡裕氏をはじめ数々の著名な音楽家も輩出しています。
*「少年」とは性別に関らず年の若い世代の総称です。創立以来現在に至るまで、常に男子と女子の団員が所属しています。
現在は京都市内全域より、小学4年生から中学3年生までの総勢約200名の団員が在籍しています。毎週土曜午後の定期練習を中心に、夏季と冬季の特別練習や様々な出演を共に行う中、団員たちは年齢や学校の枠を超えて絆を深めています。
2024年現在、指揮者の加藤完二音楽監督（当団卒団生）を筆頭に、音楽の専門家8名が指導に当たっています。通常は、全団員で行う「全員合唱」と、小グループに分けて行う「グループ合唱」の2本立てで練習を行い、その成果を年に２回、京都コンサートホールにて開催する定期演奏会（夏・冬）で披露しています。またその他にも、様々な演奏会やイベントに出演、参加しています。
これまでに京都市交響楽団や大阪フィルハーモニー交響楽団、京都フィルハーモニー室内合奏団等のプロのオーケストラ、佐渡裕氏、広上淳一氏、高関健氏、下野竜也氏等ほか多くの著名な指揮者と共演を重ねてきました。また小澤征爾音楽塾オペラプロジェクトに4度招聘され、児童合唱として出演しています。クラシック音楽以外にも、ゆずや一青窈らのポップスのアーティストとも共演する等、活動の幅を広げています。
創立以来の伝統を受け継ぎ、大切にしながら、この先の新しい社会を見据えて、合唱を愛する子どもたち、そして応援し支えてくださる方々と共に、これからも京都市少年合唱団は歩んでまいります。