La misión de la Fundación Botín es contribuir al desarrollo integral de la sociedad, detectando y apostando por el talento creativo que hay en ella y explorando nuevas formas de generar riqueza cultural, social y económica.
Para ello tiene un programa de desarrollo artístico y cultural y tres programas de desarrollo socioeconómico: educación, ciencia y desarrollo rural. Además tiene un programa de acción social en Santander para quienes necesitan ayuda aquí y ahora, y un observatorio de tendencias en Madrid para profundizar en el conocimiento de la sociedad y descubrir claves que sirvan para generar riqueza y orientar su desarrollo.