Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan Agama Hindu Amlapura secara historis tidak dapat dipisahkan dari keberadaan Sekolah Pendidikan Guru Agama Hindu swasta di bawah naungan (PGAHN ) yang ada sejak tahun 1968. Pada tahun 1968 ada tiga PGAH Negeri di Indonesia yaitu PGAHN Denpasar, PGAH Singaraja, PGAHN Mataram, dan ada 12 buah PGAH swasta yang tersebar di seluruh Indonesia. Salah satunya ada di Kabupaten Karangasem.

Dalam rangka meningkatkan sumber daya manusia khususnya di bidang pendidikan, dikeluarkanlah UU RI No. 2 Tahun 1989 tentang Sistem Pendidikan Nasional dan Peraturan Pemerintah No. 30 tahun 1990 tentang Pendidikan Tinggi. Dalam UU RI tersebut diisyaratkan bahwa seorang guru Agama harus berpendidikan tinggi minimal setingkat Diploma 2 (D2) untuk guru-guru SD dan Diploma 3 (D3) untuk guru-guru SLTP. Sejak tahun ajaran 1990-1991, PGAH tidak diperkenankan lagi menerima siswa baru karena akan dialihfungsikan menjadi lembaga pendidikan tinggi.