Generalna Dyrekcja Ochrony Środowiska odpowiada za prowadzenie polityki ochrony środowiska w zakresie zarządzania ochroną przyrody, w tym m.in. obszarami Natura 2000, prowadzenie Centralnego Rejestru Form Ochrony Przyrody oraz kontrolę procesu inwestycyjnego.
Ponadto realizuje zadania dotyczące zapobiegania i naprawy szkód w środowisku, zarządzania informacją o środowisku, rejestracji organizacji w krajowym systemie ekozarządzania i audytu (EMAS) oraz tworzenia i koordynacji sieci Partnerstwo: Środowisko dla rozwoju w Polsce.
Pracą Generalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska kieruje Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska Andrzej Szweda-Lewandowski. Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska powołuje i odwołuje 16 regionalnych dyrektorów ochrony środowiska wykonujących swoje zadania na obszarach poszczególnych województw, a także pełni w stosunku do nich funkcję organu wyższego stopnia.