Kystverket vert leia av kystdirektøren, og hovudkontoret er etatens øverste styringsorgan. Regionane utfører operative oppgåver og fellesoppgåver på vegne av Kystdirektøren. Kystverket Rederi er ein intern entreprenør og inngår i den statlege beredskapen mot akutt forureining.
Kystverket har sju driftseiningar: fem regionar, rederiet og hovudkontoret. Etaten har cirka 50 operative einingar.
Til saman har Kystverket cirka 1100 medarbeidarar, av desse er om lag 700 i operativ verksemd.