Sedanja organiziranost ZŠIS-POK ima svoje korenine v devetdesetih letih prejšnjega stoletja, ko se je 10 nacionalnih invalidskih organizacij odločilo, da ustanovijo novo ZŠIS-POK. Tako je ZŠIS-POK iz zveze invalidskih športnih društev postala zveza nacionalnih invalidskih zvez. Poverile so ji izvajanje športne dejavnosti na državnem nivoju in vse zadeve v zvezi z iskanjem, pripravo in nastopanjem najboljših slovenskih športnikov invalidov na uradnih mednarodnih tekmovanjih, kot so: evropska in svetovna prvenstva, svetovne igre in paraolimpijske igre.