Fakultas Kedokteran Universitas Islam Sultan Agung didirikan pada tanggal10 Oktober 1963. Kurang lebih 17 bulan setelah berdirinya Universitas Islam Sultan Agung pada tanggal 20 Mei 1962 dan kemudian mendapat SK terdaftar No 74/B.S.T/P/64 tanggal 28 Pebruari 1964 yang ditandatangani oleh Moh. Sa’id pejabat Kepala Biro Perguruan Tinggi Swasta Departemen PerguruanTinggi dan Ilmu Pengetahuan. Alhamdulilllah saat ini sudah terakreditasi A.