Nội dung của Nông Nghiệp Sạch xoay quanh các đề tài về nông sản sạch trải dọc 63 tỉnh thành, suốt bốn mùa, khắp ba miền, những mô hình nuôi trồng sạch nổi bật với các sản vật chủ lực của các tỉnh,bên cạnh đó là những câu chuyện về đất và người nơi ấy.