Академия акварели и изящных искусств была основана 2 декабря 2002 года решением Правительства города Москвы. Учредителем Академии является Министерство культуры Российской Федерации.
12 сентября 2012 года состоялось торжественное открытие Академии.
Академия акварели и изящных искусств – высшее художественное учебное заведение нового типа, не имеющее аналогов не только в России, но и за рубежом. Академия – первый российский вуз, проводящий обучение новой специальности: «Живопись и изящные искусства».